ในปี 1960 ซูบารุ มีความต้องการที่จะสร้างรถยนต์รุ่นใหม่ขึ้นมาแทนที่ ซูบารุ 1500 พวกเขาจึงได้พัฒนารถยนต์ขึ้นมาหนึ่งรุ่นภายใต้รหัสโครงการ A-5 รถยนต์ต้นแบบระหว่างการพัฒนานั้นเป็นรถยนต์ขนาดเล็กที่ถูกติดตั้งเครื่องยนต์บ๊อกเซอร์(Boxer engine) 4จังหวะ 4สูบ ระบายความร้อนด้วยอากาศ ขนาด 1500cc ขับเคลื่อนล้อหน้า ระบบกันสะเทือนด้านหน้าแบบปีกนกคู่ จากทรัพยากรณ์ที่มีจำกัดของ FHI ซูบารุจึงต้องยุติโครงการไว้เพียงเท่านั้น ในช่วงที่ ซูบารุ 360 ถูกวางจำหน่ายอยู่นั้น ซูบารุเองต้องการรถที่นั่งสบายกว่า คันใหญ่กว่า และสามารถบรรทุกผู้โดยสารได้4คนโดยไม่รู้สึกคับแคบ ซึ่งดูเหมือนว่าโตโยต้า โคโรลล่า, นิสสัน ซันนี, มาสด้า แฟมิเลีย, ฮีโน่ คอนเตซซ่า, อิซูสุ เบลเลตต์, และ มิตซูบิชิ โคลต์ 1000 จะเป็นตัวเลือกที่ดีกว่า ซูบารุ 360 นอกจากจะต้องการรถยนต์ที่คันใหญ่ขึ้นนั่งสะบายขึ้นแล้วนั้น ซูบารุยังต้องการที่จะลดเสียงรบกวนและเพิ่มพื้นที่ภายในห้องโดยสาร โดยการย้ายเครื่องยนต์มาไว้ด้านหน้าของตัวรถและเปลี่ยนมาใช้ระบบขับเคลื่อนล้อหน้าแทนระบบขับเคลื่อนล้อหลังแบบเดิม รวมทั้งเปลี่ยนมาใช้ระบบกันสะเทือนแบบอิสระทั้ง4ล้อ ณ ขณะนั้นรถยนต์ญี่ปุ่นที่ใช้เครื่องยนต์บ๊อกเซอร์ วางไว้บริเวณด้านหน้าของตัวรถและใช้ระบบขับเคลื่อนล้อหน้านั้น มีเพียงแค่ โตโยต้า พับบลิก้า ที่ใช้เครื่องยนต์ ตระกูล U เท่านั้น

ในปี 1963 ซูบารุได้พยามยามที่จะเริ่มต้นโครงการพัฒนารถยนต์รุ่นใหม่อีกครั้ง ภายใต้รหัสโครงการ A-4 ด้วยความยาวตัวถัง 3,885 mm (153.0 in), ความยาวฐานล้อ of 2,400 mm (94 in), ความกว้างฐานล้อหน้า 1,230 mm (48 in), ความกว้างฐานล้อหลัง 1,220 mm (48 in), น้ำหนักรวม 500 kg (1,100 lb) จากขนาดของตัวรถ A-4 จึงถูกจัดไว้ในรถขนาดเล็ก. เพื่อที่จะลดเสียงรบกวนและแรงสั่นสะเทือนจากเครื่องยนต์ ทั้งยังต้องการที่จะให้เครื่องยนต์มีขนาดเล็กลงอีกด้วย รถยนต์ต้นแบบ A-4 จึงถูกติดตั้งด้วยเครื่องยนต์ขนาด 923cc ระบายความร้อนด้วยน้ำ แทนที่เครื่องยนต์ 1500cc ระบายความร้อนด้วยอากาศ ที่ถูกติดตั้งในรถต้นแบบ A-5 รถยนต์ต้นแบบถูกทดลองผลิตออกมาทันทีในรหัสสายการผลิต A-63 และถูกเปิดตัวในชื่อ ซูบารุ 1000

ในวันที่ 21 ตุลาคม ปี 1965 ซูบารุได้ทำการเปิดตัว ซูบารุ 1000 ครั้งแรกที่ โรงแรม ฮิลตัน โฮเตล โตเกียว(Hilton Hotel Tokyo) ในปัจจุบันรู้จักในชื่อ โฮเตล โตคิว แคปปิตอล(Hotel Tokyu Capitol) ในวันที่ 29 ตุลาคม หลังจากเปิดตัวได้ 8 วัน ซูบารุได้นำ ซูบารุ 1000 ไปแสดงที่งาน โตเกียว มอเตอร์โชว์ ครั้งที่12 (12th Tokyo Motor Show) แต่กว่าที่จะเปิดจำหน่ายก็เป็นเวลากว่า 1 ปีหลังจากงานเปิดตัว ซูบารุเริ่มจำหน่าย ซูบารุ 1000 ในวันที่ 14 พฤษภาคม ปี 1966

ซูบารุ 1000 ได้รับการติดตั้งเครื่องยนต์ที่มีความเป็นเอกลักษณ์แตกต่างจากรถยนต์ส่วนใหญ่ทีมีจำหน่ายในขณะนั้น ด้วยเครื่องยนต์บ๊อกเซอร์ 4 สูบ โอเวอร์เฮดวาล์ว ระบายความร้อนด้วยน้ำ วิศวกรของซูบารุได้เริ่มจากการศึกษาเครื่องยนต์ของ พอร์เช่, ดีเคดับบลิว และ เชฟโรเลต คอร์แว วิศวกรของซูบารุมีความเห็นว่าควรจะนำเครื่องยนต์ชนิดนี้มาจับคู่กับระบบขับเคลื่อนล้อหน้า ปัญหาหลักที่วิศวกรได้พบคือ การใช้ยูนิเวอร์แซลจอยท์(Universal joints)หรือลูกปืนกากบาทกับเพลาขับหน้านนั้น ส่งผลให้มีการสั่งสะเทือนค่อนข้างมาก แต่ปัญหานั้นก็ได้รับความช่วยเหลือจากผู้ผลิตลูกปืนแบริ่งชื่อดังอย่าง โตโย แบริ่ง (Toyo Bearing) ปัจจุบันรู้จักในชื่อ เอ็นทีเอ็น(NTN) วิศวกรจากซูบารุและโตโยแบริ่งได้ร่วมกันคิดค้นนวัตกรรมใหม่ที่มีชื่อว่า ดับเบิ้ลออฟเซ็ตจอยท์(Double offset joint)ขึ้นมา และได้นำมาใช้งานแทนยูนิเวอร์แซลจอยท์เดิม ในปัจจุบันเครื่องยนต์บ๊อกเซอร์ได้กลายเป็นเอกลักษณ์หนึ่งของรถยนต์ซูบารุไปแล้ว

ข้อมูลรถยนต์ ซูบารุ1000

• ระบบบังคับเลี้ยว และ ระบบกันสะเทือน
  • ประเภทระบบบังคับเลี้ยว : แร็คแอนด์พิเนี่ยน(Rack and Pinion)
  • รัศมีวงเลี้ยวแคบสุด : 4.8 เมตร
  • ประเภทระบบกันสะเทือน : ด้านหน้าแบบ อิสระปีกนกคู่(Double Wishbone) ด้านหลังแบบ อิสระเทรลลิ่งอาร์ม(Trailling Arm)
  • ระบบห้ามล้อ : ดรัมเบรกทั้ง4ล้อ คู่หน้าใช้แบบ ดูโอ้เซอโว(Duo Servo) คู่หลังใช้แบบหลีดดิ้ง (Leading)
  • ขนาดยาง : 5.50-13-4PR
• ราคาจำหน่าย ในประเทศญี่ปุ่น เมื่อเดือนพฤษภาคม ปี 1966
  • ซูเปอร์เดอลุกซ์(Super Deluxe) : 580,000 ¥, เดอลุกซ์(Deluxe) : 535,000 ¥, สแตนดาร์ด(Standard) : 495,000 ¥.